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O Programa de Pós-Graduação em Contabilidade e Administração possui duas linhas de pesquisa: 

I – Controladoria e Contabilidade Financeira. A linha de pesquisa "Controladoria e Contabilidade Financeira" se concentra no estudo aprofundado dos princípios, práticas e técnicas relacionadas à controladoria e à contabilidade financeira, com o objetivo de entender e otimizar a gestão financeira das organizações. Essa linha de pesquisa aborda tanto os aspectos teóricos quanto os aplicados dessas áreas, visando desenvolver competências analíticas e práticas nos pesquisadores e profissionais. 

II – Estratégia e Gestão da Inovação. A linha de pesquisa "Estratégia e Gestão da Inovação" foca na análise e no desenvolvimento de estratégias organizacionais destinadas a fomentar a competitividade e a inovação em mercados em constante mudança. Essa linha de pesquisa engloba tanto a teoria quanto a prática dos conceitos de estratégia organizacional e de gestão da inovação. Seu objetivo é compreender como as organizações podem criar, implementar e manter vantagens competitivas, particularmente por meio da gestão eficaz da inovação.